Craig Schwartz, um marionetista talentoso, porém frustrado e desempregado, aceita um emprego burocrático arquivando documentos no andar 7½ de um escritório em Nova York, um espaço com o teto tão baixo que exige que os funcionários se curvem constantemente. Casado com Lotte, obcecada por animais e igualmente insatisfeita, Craig encontra um pequeno túnel escondido atrás de um armário.

O que se segue desafia a própria noção de realidade: o túnel é um portal direto para a mente de John Malkovich. Por quinze minutos, quem o atravessa experimenta o mundo pelos olhos, ouvidos e pensamentos do ator. Após esse período, a pessoa é expelida para uma valeta na beira de uma rodovia em Nova Jersey.

A descoberta transforma a vida de Craig e Lotte. Inicialmente, a novidade atrai curiosos pagantes, oferecendo uma experiência bizarra e efêmera. Mas rapidamente, a obsessão toma conta. Craig, desesperado para reconquistar Maxine, uma colega de trabalho por quem nutre uma paixão platônica e não correspondida, usa o portal para tentar impressioná-la através da mente de Malkovich. Lotte, por sua vez, descobre uma inesperada atração por si mesma, enquanto experimenta a vida como Malkovich, desenvolvendo um desejo romântico por Maxine através dessa experiência vicária e surreal.

O controle sobre o portal, e sobre a própria identidade, torna-se o cerne do conflito. A exploração inicial e inocente rapidamente escala para uma batalha por amor, desejo e, fundamentalmente, pela posse da mente de John Malkovich. A comédia excêntrica assume nuances sombrias à medida que as personagens se perdem em labirintos de identidade, sexualidade e manipulação. A busca por significado se torna uma busca desesperada por controle, levantando questões perturbadoras sobre a natureza da consciência, a objetificação do outro e os limites da experiência humana. O filme equilibra o absurdo com o existencial, criando uma experiência cinematográfica inesquecível que permanecerá na mente do espectador muito depois dos créditos finais.