Na virada do século XX, em Uppsala, Suécia, acompanhamos a rica e expansiva família Ekdahl através dos olhos dos irmãos Fanny e Alexander. O Natal, na imponente casa da matriarca Helena, é uma celebração opulenta da vida, repleta de risos, fantasias e um calor que parece blindar a todos da frieza do mundo exterior. Mas a morte súbita do pai das crianças, Oscar, ator e diretor do teatro da família, lança uma sombra sobre esse paraíso.

A melancolia toma conta de Emilie, a mãe, que encontra consolo, ou pelo menos uma saída, ao se casar com o severo e implacável Bispo Vergerus. A mudança para a austera residência episcopal é um choque brutal para Fanny e Alexander. A atmosfera opressiva, os castigos cruéis e a rígida disciplina religiosa contrastam fortemente com a liberdade criativa e o amoroso caos da casa dos Ekdahl. Alexander, com sua imaginação fértil e propensão a mentiras (ou seriam vislumbres de outra realidade?), é quem mais sofre sob o jugo do bispo.

A salvação, porém, surge de fontes inesperadas. A família Ekdahl, com suas complexas teias de relações e segredos, não se rende facilmente à escuridão. Isak Jacobi, um amigo judeu da família com conhecimentos misteriosos, e outros membros do clã urdem um plano para resgatar Fanny e Alexander das garras do bispo. O que se segue é uma sequência de eventos fantásticos, que desafiam a lógica e a razão, mergulhando na tênue fronteira entre realidade e fantasia, entre o poder da crença e a fragilidade da sanidade. Bergman, ao apresentar o contraste brutal entre a exuberância artística dos Ekdahl e o ascetismo opressor do bispo, parece questionar a própria natureza da verdade e a maneira como a percebemos. A busca de Alexander pela liberdade, em última análise, é um retrato da eterna luta entre a imaginação e o dogma, entre a alegria de viver e o medo da morte. A narrativa evoca, sutilmente, a dialética hegeliana, onde a tese da vida festiva dos Ekdahl encontra sua antítese na disciplina castradora do bispo, buscando, talvez, uma síntese que reconcilie espírito e matéria.