Em Copenhague, nos anos 1920, Einar Wegener é um pintor de paisagens reconhecido, casado com Gerda, também artista, que busca firmar seu nome com retratos. A dinâmica do casal se transforma quando Gerda pede a Einar para substituir uma modelo ausente em sua pintura. O momento, aparentemente banal, desperta em Einar sentimentos e sensações até então desconhecidas, uma latência que borbulha à flor da pele. A partir daí, Einar começa a explorar sua identidade feminina, inicialmente como um jogo, que logo se torna uma necessidade existencial.

A metamorfose de Einar em Lili Elbe abala o relacionamento e o casamento, testando os limites do amor incondicional e da aceitação. Gerda, confrontada com a mudança radical em seu parceiro, oscila entre a confusão, a dor e a lealdade. A jornada de Lili em busca de sua verdadeira identidade a leva a desafiar as convenções sociais da época e a enfrentar os preconceitos de uma sociedade que não compreende, e muito menos aceita, a fluidez de gênero.

O filme acompanha a luta de Lili para se libertar do corpo que a aprisiona, buscando na medicina experimental a possibilidade de uma cirurgia de redesignação sexual, um território desconhecido e perigoso naqueles anos. A narrativa explora a complexidade da identidade, a coragem de ser autêntico e a busca pela autoaceitação, temas que ressoam com a filosofia existencialista, na qual o indivíduo é responsável por criar o próprio sentido da vida, mesmo diante do absurdo e da incerteza. A trajetória de Lili Elbe não é apenas uma história de transformação pessoal, mas um retrato da coragem de desafiar as normas e de reivindicar o direito de ser quem se é, custe o que custar.